区审计局设5个内设机构。

    一、办公室：负责机关政务工作，督促检查机关工作制度的落实；负责机关会议的组织和决定事项的督办；负责文电、机要、保密、档案、信访、接待、计划生育及后勤服务等工作；负责人大建议议案和政协提案的办理；负责机关及所属单位的机构编制、干部人事、社会保障等工作；负责机关和所属单位财务及国有资产管理工作；负责党建和思想政治工作；负责组织实施目标责任综合考核工作；拟订审计工作规划和年度审计项目计划；负责审计工作日的核定工作。

   二、审理稽核科：负责审计稽核工作；负责对审计业务质量的监督检查；对审计项目的相关资料进行审核，提出书面审理意见；承办审计业务会议、审计项目撤点验收会议；负责审计整改工作，对审计报告、审计决定等审计结论性文书的整改落实情况进行督促检查；负责起草审计结果公告，贯彻落实地方性审计法规、规章；负责机关规范性文件合法性的审核工作；负责普法宣传和审计法律法规的政策咨询，以及依法行政的监督检查工作；承办行政应诉工作。

    三、行政事业审计科：负责区本级预算执行和其他财政收支情况审计工作；负责区级有关部门及其所属事业单位预算的执行情况、决算和其他财政收支审计工作；开展开发区财政收支情况审计； 开展街道党政领导干部以及区属开发区负责人的经济责任审计工作；牵头起草本级财政预算执行审计结果报告及审计工作报告；审计使用区级财政资金的事业单位和社会团体的财务收支情况；对区级主管部门及其管理的科教文卫等专项资金开展审计；开展区级党政部门领导干部经济责任审计；组织审计国际组织和外国政府援助、贷款项目的财务收支，并按有关规定提供项目审计公证报告；依法审计区属国有事业组织的境外项目资产、负债和损益；组织审计由区政府主管部门管理和受区政府委托管理的各项养老、医疗、工伤、失业、生育等社会保险基金和住房公积金、住房维修及其他住房保障资金；负责审计全区各项低保、救助、优抚、安置等社会救助和社会福利资金；负责审计全区各项彩票资金和公益金、捐赠捐助资金；负责审计社会保障资金管理部门和经办机构的财政财务收支；开展区级税收征管审计工作；开展相关专项审计调查。

    四、综合审计科：负责区政府有关部门管理和受区政府委托由其他单位管理的农业、林业、水利、农业综合开发、扶贫开发和生态环境保护等专项资金审计工作；组织审计自然资源资产、生态环境保护情况；负责区级国家建设项目的概预算执行、单项工程结算和项目竣工决算审计工作；对与项目有关的勘察、设计、代建、施工、监理、供货、咨询等单位取得建设项目资金的真实性、合法性进行审计调查；开展国家建设项目的绩效审计及调查；负责对区属国有及国有控股施工企业、房地产开发企业的财务收支和资产、负债、损益的真实性、合法性进行审计调查；负责区属国有企业和国有资本占控股地位或主导地位企业（不含金融机构，施工企业和房地产开发企业）的资产、负债和损益审计工作；对区属国有企业的境外投资企业开展审计；组织实施国有企业负责人的经济责任审计；开展相关专项审计调查。

    五、经济责任审计办公室：负责拟订全区经济责任审计的有关规定、办法；组织对区管领导干部正职和属于区审计局审计监督对象的其他单位主要负责人任职期间经济责任情况的审计监督；指导全区经济责任审计工作；承担区经济责任审计工作领导小组办公室日常工作。

    机关党的机构按照党章规定设置。